1941 год. В «Артек» только что заехали дети, а 22 июня началась Великая Отечественная война. Уже на следующий день артековцы отправили в Москву телеграмму: «Отдыхая в солнечном «Артеке», всегда готовы к защите Родины». Эту смену позже назовут самой длинной в истории лагеря: длилась она три с половиной года. Двести детей из западных областей и республик, оккупированных фашистами, вместе с вожатыми, врачом и начальником лагеря были эвакуированы в глубокий тыл – алтайский курортный поселок Белокуриху. Там ребята и взрослые жили по артековским законам, помогали семьям фронтовиков, раненым в госпиталях, собирали металлолом на строительство танков и самолетов.
А сам «Артек» был оккупирован. 15 апреля 1944 года войска Отдельной Приморской армии освободили его. Лагерь лежал в развалинах.
Несмотря на тяжелое военное время, были начаты восстановительные работы, и спустя три месяца, 6 августа 1944 года, лагерь принял 500 крымских детей.
В юбилейную смену 1945 года в «Артеке» отдыхало уже 1 200 ребят. 13 сентября газеты и радио сообщили радостную весть: в связи с двадцатилетним юбилеем, за выдающиеся заслуги в деле воспитания пионеров и школьников Всесоюзный санаторно-пионерский лагерь «Артек» им. В. М. Молотова награжден орденом Трудового Красного Знамени.
В 1945 году на карте «Артека» появляется детский лагерь «Кипарисный» – бывший дом отдыха «Колхозная молодежь».
И если до войны артековцы помогали всем, то в это тяжелое время помощь стала приходить им. Так, весной 1945 года супруга премьер-министра Великобритании Клементина Черчилль посетила «Артек» и подарила 15 брезентовых палаток, ставших основой послевоенного лагеря.
Летом 1947 года впервые после окончания войны на отдых в «Артек» были приглашены группы детей из Чехословакии и Польши. Дети писали: «Нам навсегда запомнится… приезд в Крым. Всюду мы встречали простых, ласковых, хороших людей. А красота лагеря нас просто поразила. Нам даже не верилось, что всё это может принадлежать детям. Мы так благодарны… детям за заботу о нас, за море, за солнце, за дружбу, за песни, которым мы здесь научились». Артековцы вместе со своими зарубежными гостями организовали костер, посвященный дружбе славянских народов. С большой радостью юные чехи и поляки принимали от своих друзей подарки и угольки дружбы из артековского праздничного костра.